A AEPET é administrada pelos seguintes órgãos:
- Assembléia Geral
- Conselho Deliberativo
- Diretoria Executiva
- Conselho Fiscal
O Conselho Deliberativo é constituído pelo Presidente, Vice-presidente e Diretores da AEPET, pelos presidentes dos núcleos regionais e das Associações com as quais a AEPET mantiver convênios de atuação conjunta.
A atual Diretoria Executiva tem a seguinte composição:
Pedro Augusto de Albuquerque Gonçalves de Pinho
Presidente
Felipe Campos Cauby Coutinho
Vice-Presidente
Fernando Leite Siqueira
Diretor Administrativo
Felipe de Oliveira Brito
Vice-Diretor Administrativo
Hebert Campos G. Teixeira
Diretor de Comunicação
Ana Patricia C. de Castro Laier
Vice-Diretor de Comunicação
Sylvio Massa de Campos
Diretor de Pessoal
Felipe de Oliveira Brito
Vice-Diretor de Pessoal
José Antônio Simões
Diretor Cultural
Claudio da Costa Oliveira
Vice-Diretor Cultural
Ricardo Moura de Albuquerque Maranhão
Diretor Jurídico
Paulo Teixeira Brandão
Vice-Diretor Jurídico
A AEPET tem ainda o seu Conselho Fiscal, composto de três membros efetivos e seus respectivos suplentes.
Os atuais conselheiros são:
Carla Alves Marinho Ferreira
Gustavo Baptista Marun
Eugênio Miguel Mancini Scheleder
Suplente
Diomedes Cesario da Silva
Raul Tadeu Bergmann
Alexandre de Medeiros Brito
Os mandatos têm duração de três anos, não sendo permitida a eleição por mais de dois períodos consecutivos, para o mesmo cargo.
A Diretoria da AEPET se reúne uma vez por semana e constam em ata todas as decisões tomadas. Entre seus vários objetivos destacam-se: administrar a AEPET de acordo com os Estatutos; estabelecer políticas que conduzam à consecução dos objetivos da entidade.
Os sócios da AEPET estão organizados em todo o Brasil (onde existam unidades da Petrobrás), em Núcleos Regionais, também sociedades civis, sem fins lucrativos, com autonomia financeira e administrativa. As eleições dos núcleos serão independentes da eleição da AEPET.