A AEPET é administrada pelos seguintes órgãos:

 - Assembléia Geral

 - Conselho Deliberativo

 - Diretoria Executiva

 - Conselho Fiscal

O Conselho Deliberativo é constituído pelo Presidente, Vice-presidente e Diretores da AEPET, pelos presidentes dos núcleos regionais e das Associações com as quais a AEPET mantiver convênios de atuação conjunta.

A atual Diretoria Executiva tem a seguinte composição:

Silvio Sinedino Pinheiro

Presidente

Fernando Leite Siqueira

Vice-Presidente

Henrique Sotoma

Diretor Administrativo

Pedro Francisco de Almeida Castilho

Vice-Diretor Administrativo

Paulo Teixeira Brandão

Diretor de Assuntos Jurídicos

Carlos Roberto dos Santos Caldeira

Vice-Diretor de Assuntos Jurídicos

Francisco Soriano de Souza Nunes

Diretor de Pessoal

Raul Tadeu Bergmann

Vice-Diretor de Pessoal

Ronaldo Tedesco Vilardo

Diretor de Comunicações

Paulo Sergio Decnop Coelho

Vice-Diretor de Comunicações

Rogério Loureiro Antunes

Diretor Cultural

Francisco Isnard Barrocas

Vice-Diretor Cultural

A AEPET tem ainda o seu Conselho Fiscal, composto de três membros efetivos e seus respectivos suplentes.

Os atuais conselheiros são:

Ricardo Moura de Albuquerque Maranhão

Guilherme Vaz do Couto  (suplente)

Sydney Granja Affonso

Arthur de Oliveira Martins Filho (suplente)

Ricardo Latgé Milward de Azevedo

Clovis Carlos Rossi (suplente)

Os mandatos têm duração de três anos, não sendo permitida a eleição por mais de dois períodos consecutivos, para o mesmo cargo.

A Diretoria da AEPET se reúne uma vez por semana e constam em ata todas as decisões tomadas. Entre seus vários objetivos destacam-se: administrar a AEPET de acordo com os Estatutos; estabelecer políticas que conduzam à consecução dos objetivos da entidade.

Os sócios da AEPET estão organizados em todo o Brasil (onde existam unidades da Petrobrás), em Núcleos Regionais, também sociedades civis, sem fins lucrativos, com autonomia financeira e administrativa. As eleições dos núcleos serão independentes da eleição da AEPET.